Pokud plátce nepodá kontrolní hlášení ve stanovené lhůtě, vzniká mu povinnost
uhradit pokutu ve výši:
- 1000 Kč, pokud jej dodatečně podá, aniž by k tomu byl vyzván,
- 10 000 Kč, pokud jej podá v náhradní lhůtě poté, co k tomu byl správcem daně vyzván,
- 30 000 Kč, pokud jej nepodá na základě výzvy ke změně, doplnění či potvrzení údajů
uvedených v podaném kontrolním hlášení, nebo
- 50 000 Kč, pokud jej nepodá ani v náhradní lhůtě.
Finanční úřad může navíc těm podnikatelům, kteří nesplněním povinnosti související s kontrolním hlášením závažně ztěžují nebo maří správu daní, udělit pokutu až do výše 500 000 Kč.
Na výzvu správce daně musí poplatník zareagovat do 5 pracovních dní. V zákoně je od konce července 2016 rovněž institut prominutí pokuty, který se týká pokut v pevné výši 10 000 Kč, 30 000 Kč a 50 000 Kč, a institut vyloučení vzniku pokuty, který týká pokuty v pevné výši 1000 Kč.V případě pokuty ve výši 1000 Kč je tolerováno jedno pochybení pro daný kalendářní rok. Správce daně toto zohledňuje automaticky bez nutnosti podávat žádost. Prominutí vyšších pokut upravuje metodický pokyn Generálního finančního ředitelství.
